本发明公开了一种两亲性肝素基嵌段聚合物及其制备方法与应用。本发明以肝素作为原料，通过点击化学反应途径将端叠氮基肝素与α-炔基聚（N^ε-苄氧羰基-L-赖氨酸）按物质的量的比为1.25：1制备两亲性嵌段聚合物。肝素是一种具有优良生物相容性、可生物降解性且具有重要生物活性的水溶性天然多糖，以肝素为原料制备得到的两亲性嵌段聚合物及其自组装纳米胶束具有抗凝血、抗肿瘤等生物活性，可作为药物载体在医药领域中进行应用。本发明的制备条件温和，高效实用；制备得到的两亲性嵌段聚合物，具有在水溶液中形成纳米胶束的能力，可用作性能优良、功能独特的新型药物控释载体。