本发明公开了一种医用AGV控制系统，包括处理器单元、控制器、第一电机、第二电机、信号处理器、AGV小车、物流进/出站以及物流总站，所述的控制器分别与物流进/出站和物流总站通讯，所述的处理器单元发出控制信号至所述控制器，通过所述的控制器把控制信号分为第一驱动信号和第二驱动信号，所述的第一驱动信号和第二驱动信号分别控制所述的第二电机和第一电机，其中，通过所述的第一电机的第二驱动信号和通过所述的第二电机的第一驱动信号经过信号处理器合成之后，控制AGV小车的运动。本发明提供一种医用AGV控制系统，解决了现有技术中AGV小车失控的现象以及抗干扰能力差的问题。