本发明提供一种光子晶体及其制备方法，首先提供包括铝基底和具有周期排列的多个孔道的氧化铝层的AAO模板，于各该孔道内填充光刻胶，并使所述光刻胶覆盖所述氧化铝层，然后去除所述铝基底，并去除各该孔道的底部以使所述孔道形成通孔，然后键合一半导体衬底及所述氧化铝层，去除光刻胶，接着于所述通孔内形成第一半导体柱并于所述氧化铝层表面形成第一半导体层，接着按上述步骤于所述第一半导体层上形成氧化铝层、第二半导体柱及第二半导体层，最后去除所述氧化铝层以完成制备。本发明利用AAO模板实现了光子晶体的制备，工艺简单，成本低、重复性好、且与半导体工艺兼容，采用本方法可制备出二维或三维纳米级的光子晶体，适用于工业生产。