本发明公开了一种湿地植物清污系统与清污方法，其中，湿地植物清污系统包括总排水沟及其排水控制装置，以及顺序设置的第一进水沟、第一拦污栅装置、沉淀池、第二拦污栅装置、缓冲池、第二进水沟、复合湿地植物清污区、出水池、出水沟；复合湿地植物清污区设置若干级湿地植物清污区；各级湿地植物清污区内设置培地茅、芦苇与水葫芦；缓冲池还连接总排水沟，由排水控制装置控制将部分污水直接通过总排水沟排出。本发明构建了一个多级湿地植物清污区，在有保护的条件下逐级进行清污处理，受地理环境因素限制较小，能够因地制宜适用于各种地形环境以及地块大小，具有很高的实际应用价值。