本发明涉及一种富藻水的处理方法，包括如下步骤：a）富藻水经腐熟水解后得到藻液；b）将藻液厌氧消化；c）将厌氧消化后的藻液进行缺氧-好氧处理；d）缺氧-好氧处理后的藻液经水生植物吸收氮、磷后排出。本发明还涉及该处理方法所采用的系统。本发明能够有效解决太湖大规模蓝藻水华的处理处置难题，有效去除富藻水有机污染物和氮磷营养盐，在直接改善湖水水体质量的目标的同时，实现蓝藻有机生物质产沼气、氮磷农业资源化利用的目的；处理后尾水可以达到国家相关标准的一级排放标准。与常规富藻水气浮浓缩方法相比，不仅去除效果更好，而且运行管理简单、节能效果好，更是大幅度降低了蓝藻的处理成本，具有良好的社会效益与经济效益。