本发明公开了一种网箱养殖穗花狐尾藻的方法，属于水环境保护、水生态重建领域。网箱养殖穗花狐尾藻的方法为在悬挂网箱中种植穗花狐尾藻，通过调节悬挂深度以满足水中光照的要求；悬挂网箱包括由绳索连接的浮体和网箱。该方法具体包括如下步骤：在水深超过1.5米的水体中布设上述悬挂网箱；每年3月份开始，在网箱中接种穗花狐尾藻；在网箱内放养细鳞斜颌鲴或银鲴；每年4～10月份，逐月测定水体透明度的变化，按照透明度深度调整悬挂深度；每年10～11月期间收割穗花狐尾藻。本发明通过封闭型网箱养殖的方式，使穗花狐尾藻在网箱底部基质上固着生长，可防止穗花狐尾藻被草食性鱼类啃食，抵抗风浪植株的侵害，解决了穗花狐尾藻的引入问题。