本发明公开了一种基于膜技术提取虫草被孢菌丝体的方法，该方法是将虫草被孢发酵液通过微滤膜处理分离得到虫草被孢菌丝体。本发明改变了传统虫草被孢分离所用离心方式，采用高效的膜分离技术进行菌丝体分离，减少进入滤液的菌丝体，既能提高菌丝体的收率，降低滤液的COD，降低污水处理量，又不破坏细胞本身，保证胞内有效成分的全部回收。与传统的工艺相比，本发明具有显著的经济效益、社会效益和环境效益。