本发明提供了一种基于高性能计算通讯架构的边界扫描系统和方法。在上述系统中，除了包括主控板、业务单板、背板、和高级夹层卡模块外，还包括：主控板上设置的JTAG控制器，JTAG控制器用于向业务单板传输控制信息；业务单板上设置的JTAG一级桥，JTAG一级桥用于连接业务单板上的所有JTAG设备；高级夹层卡模块上设置的JTAG二级桥，JTAG二级桥用于连接高级夹层卡模块上的所有JTAG设备。