本发明公开了一种强脉冲微废水排放净水系统，包括：依次通过管道连接的进水三通（1）、前置过滤器组、增压泵（13）、反渗透膜过滤器（15）、后置活性炭过滤器（19），后置活性炭过滤器出口通过高压开关（18）与出水口（20）连接，反渗透膜过滤器的出口同时通过管道与一储水压力桶（4）连接，其中，所述的反渗透膜过滤器出口设有废水排放管道，该管道上设有一脉冲电磁阀（14）；所述的储水压力桶通过一管道和单向阀（22）回流微量纯水至反渗透膜过滤器（15）的前端用于在制水完毕后，浸泡反渗透膜。本发明通过急速瞬时脉冲排污冲洗反渗透膜、纯水回流冲洗浸泡保护反渗透膜两项措施，使原水利用率大幅提高到75%以上。