本发明涉及玉米酒精废水的集成处理方法，有效解决生化效率高、操作简单、处理费用低、生化出水优于发酵酒精废水排放标准，同时深度出水满足工业循环冷却水补充用水的问题，方法是，格栅拦截粗大悬浮物，经降温，调节pH值；将调pH值后的废水泵入水解酸化池，水解酸化后经内循环上流式厌氧污泥反应器厌氧处理，厌氧处理后的部分废水进行填料循环式活性污泥法好氧处理，未经厌氧处理的部分废水回流至上流式厌氧污泥反应器进水口，再次进入上流式厌氧污泥反应器，进行厌氧处理，好氧处理过程中要进行鼓风，好氧处理后的废水进入中间水井，再进行混凝沉淀池沉淀后，进入多介质的过滤器过滤，消毒，本发明操作简单、处理费用低、生化效率高。