本发明的目的是为了解决草甘膦母液处理中成本较高和资源化出路的问题，提供了一种制备草甘膦过程中产生的母液处理集成工艺。工艺步骤包括母液预处理、集成膜分离、氧化处理、结晶分离、化学除磷、膜分离除氯和生化处理。本发明根据水剂的销售情况，调节进入膜分离系统的母液的量，适应市场需要，同时，控制成本，避免设备维修等影响，确保草甘膦生产装置正常运行。集成膜分离所得的草甘膦可以用于33%草甘膦铵盐水剂生产；结晶分离和化学除磷所得的有机磷可以用于磷肥生产；膜分离所得的氯化钠溶液可以用于氯碱生产，其余部份可进入生化处理，达标排放。