本发明涉及一种升流式水解酸化-菌藻生物膜河水净化系统，其特征是：包括立体式河水净化床、填料生物膜净化层、以及过滤除藻用的植物滤床，所述填料生物膜净化层为设置在河水净化床内部的多层填料净化箱；在所述河水净化床的底部为污泥区，在所述河水净化床的下部设置进水管，进水管与填料净化箱的内部导流管连接，导入污泥层的底部，在填料净化箱的顶部设置有处理出水管，在所述填料净化箱的底部设置排泥口；在每层填料净化箱的下边缘均设置有填料层出水管，所述处理出水管和填料层出水管分别与滤床连接。本发明具有如下技术特点及积极效果：（1）污染物削减效果良好，技术经济优势明显；（2）技术策略实施方便，装置运行操作简单。