本发明公开了一种厌氧氨氧化反应器处理高盐含氮废水的启动方法，将厌氧污泥和好氧污泥接种到反应器中，启动策略如下：首先在反应器保持厌氧、进水不含有机碳源、不含盐度的条件下富集厌氧氨氧化菌，建立以厌氧氨氧化菌为优势菌的微生物系统；然后在低氮浓度、低盐度的条件下优选耐盐厌氧氨氧化菌，淘洗出非优势菌种，建立以耐盐厌氧氨氧化菌为优势菌的微生物系统；最后逐步提高氮浓度和盐度使厌氧氨氧化菌适应高氮浓度和高盐环境。本发明通过逐渐改变进水基质的方式解决了在盐度抑制下厌氧氨氧化菌富集缓慢的问题，启动方式简单易行，降低了高盐废水厌氧氨氧化处理系统启动的难度。