一种疏水改性阳离子聚丙烯酰胺絮凝剂的制备方法，包括以下步骤：称取丙烯酰胺、丙烯酰氧乙基三甲基氯化铵、丙烯酸丁酯、全氟辛基乙基丙烯酸酯以及表面活性剂混合后，然后加入去离子水搅拌均匀得到聚合单体水溶液，接着加入各种助剂；然后加入复合引发剂进行聚合，再加入光引发剂聚合；聚合反应完成后，取出胶粒进行造粒、烘干、粉碎、过筛得到疏水改性阳离子聚丙烯酰胺絮凝剂。本发明制备的絮凝剂通过在絮凝剂大分子中引入疏水集基团可以提高聚合物对悬浮颗粒特别是水中有机物的吸附能力，同时絮凝剂具备疏水缔合高聚物的性质，有利于大分子间的相互作用，降低絮体的亲水性能，加快絮体的沉降速度，提高絮团强度和滤饼的脱水能力。