本发明公开了一种海水淡化系统的控制电路。本发明包括STC12C5628AD芯片的基本电路、12-5V电压转换电路、液位测量电路、PWM控制电路、电机控制电路和温度检测电路。具体包括稳压块U1、单片机芯片U2、芯片U3、接口J1～接口J5、电阻R1～电阻R9、电容C1～电容C13、晶振Y1、场效应管Q1～Q2、整流二极管D1～D2和电感L1。本发明能接受多个液位信号传输到单片机，同时监视多个液位；本发明中PWM控制电路利用场效应管Q1控制接口J2的电路的通断，实现以小电流控制大电流的作用。