光子晶体边耦合双通道光波导传输系统，涉及光学技术领域中的一种微结构光子晶体元件，解决了现有光子晶体波导因粗糙度偏高带来的散射大的问题，提供一种能实现光子晶体波导和传统光学器件或外置光源间高效耦合系统，该系统包括波导层、低折射率埋层和衬底层，波导层位于低折射率埋层上部，低折射率埋层下部与衬底层相连；采用多光子晶体谐振腔并联的方式，通过波导二区的耦合区将电磁波耦合进光子晶体波导缺陷区，耦合效率高；由于光子晶体谐振腔上部与点缺陷对应位置处分布有耦合介质柱，进一步提高了耦合效率。整个光子晶体波导集成在同一基片上，不需要外置的光学元件，使得光子晶体波导结构更紧凑、体积更小，并具有更高的集成度。