一种利用皮状丝孢酵母制备生物柴油的方法,先制备微生物油脂，即以菊糖提取液为产脂培养基，皮状丝胞酵母为产油脂菌种，在一定培养条件下分批发酵培养，经干燥、提取获得微生物油脂，然后再制备生物柴油，即以微生物油脂为原料，在催化剂作用下，经微波加热，与甲醇进行转酯化反应制得生物柴油。本发明采用菊芋提取液进行发酵生产微生物油脂，既解决了采用菊粉生产油脂需添加酵母膏、蛋白胨和无机盐而导致油脂生产成本过高的缺点，显著降低了生物柴油生产的成本，又充分利用了菊芋资源，而且建立的微波加热制备生物柴油的生产工艺操作简便、环境友好、反应速度快，生物柴油产率高、易于控制，具有良好的工业化应用前景。