本发明公开了一种生产碱性果胶酶的方法。该方法以大肠杆菌埃希氏菌(Escherichia coli)BL21(DE3)PGL04CGMCC NO.5697为出发菌株，采用以下的发酵策略和方法实现碱性果胶酶的胞外高效表达：以优化的分批发酵培养基，采用双阶段甘油流加策略实现大肠杆菌的高密度培养，当细胞密度达到每升发酵液中干细胞为10—15g/L时，开始诱导；诱导温度为28—30℃，采用2.5-7.5mL/(L·h)的180—220g/L乳糖溶液匀速流加策略，最终实现碱性果胶酶的高效胞外表达，胞外酶活力可达到4000U/mL以上。本发明方法具有工艺简单，发酵周期短，适合于工业化生产的优点。