本发明公开了一种特异性靶向人类胚胎干细胞的量子点－噬菌体复合物。该复合物，是量子点与携带外源多肽的噬菌体的复合物；所述外源多肽的氨基酸残基序列为序列表中序列1所示的氨基酸残基序列。本发明的特异性靶向人类胚胎干细胞的量子点－噬菌体复合物可以用于胚胎干细胞的标记和分选。