本发明公开了一种基于微生物群落变化的水产养殖病害预测方法，特点是根据养殖水体中特征微生物群落相对丰度之和的变化来实现病害预测预警，具体包括：用高通量测序或其他方法获得健康水体样本和发病水体样本中的微生物群落信息，从中筛选出对健康状态和发病状态分别具有指示作用的健康特征微生物群落以及病害特征微生物群落，再以病害特征微生物组合中各微生物的相对丰度或健康特征微生物组合中各微生物的相对丰度作为自变量，以各样本的健康状态为因变量，分别建立预测模型对未知样本进行预测，优点是可用较少的指示微生物种类来预测水产养殖生物发生病害的可能性，预测准确性高。