本发明公开了一种藻蓝蛋白与酞菁的复合物及其制备方法和应用，在藻蓝蛋白上通过非共价的方式复合上酞菁分子，通过调整反应物的投料比，来调控复合物的组成比。藻蓝蛋白与酞菁的复合物作为具有双功能基和作用光谱的光敏剂用于制备光动力治疗药物时，具有生物相容性高、光动力抗癌活性高等优势。