本发明涉及一种用于防控兽流行性腹泻病毒PEDV的特异性抗病毒肽核酸PNA，针对PEDV中N和S的基因保守部分设计高效特异性的反义核酸序列，并采用特定工艺人工合成肽核酸片段，该序列与上述保守性靶基因互补，根据碱基互补原理，反义核酸序列特异性地与PEDV中的N和S对应的靶基因相结合，诱导核酶对靶基因进行降解，从而阻断靶基因的转录与表达，抑制PEDV在机体内复制与装配，以达到防控兽流行性腹泻的目的。本发明还涉及含有该反义核酸序列的药物组合物，及其在动物药物上的用途。本发明无毒副作用，无耐药性，能特异性直接抑制PEDV复制，抗病毒效果好，无药残等食品安全问题。