本发明应用于清洁化水产养殖水体原位修复的方法，被污染的养殖水体由液位差推动，有机污染物经生态渗滤以截留、吸附和降解三种方式协同作用被去除。池底集水槽的出水进入固定化生物反应器后，载体中固定化微好氧微生物被激活，为生态渗滤系统提供丰富的微好氧微生物菌群来源。将含微生物菌群的水体泵回养殖池塘水体系统，在浅层曝气系统作用下微生物大量繁殖，并以池塘水体污染物为所需营养源，从而有效净化养殖水体，实现清洁化养殖。本发明直接利用养殖池塘底部空间建造生态渗滤池底系统，使处理系统不占地；不产生剩余污泥，节约了费用；所用的固定化微生物载体有效期长，可实现养殖水体的原位净化及污染物达标排放；综合效益明显。