本发明公开了一种嵌入式系统中多CPU的无线程序下载方法，包括如下步骤：下位机不同设备设置不同的设备ID，上位机储存各设备ID的信息；上位机复制需要更新的程序到本机；上位机与需要下载程序的下位机设备建立无线信道通讯；上位机发送待下载数据，等待下位机接收数据；上位机发送数据校验码，等待下位机验证数据校验码是否正确；上位机对下位机写入成功标志，下载结束。本发明保证了数据传输的安全性，可以对多个CPU进行下载，下载过程保证了所有写入数据的可靠性。