本发明提供了一种.Net程序保护的方法和系统，属于信息安全技术领域。为了解决现有技术中.Net程序保护需要程序员手工改写、工作量大、繁琐和开发周期长、成本高等问题，本发明提供了一种.Net程序保护的方法，包括：利用程序保护工具将编译好的.Net程序中的一部分程序分离出来，变换后存储到信息安全设备中，并将通讯指令写入分离后的.Net程序中；执行分离后的.Net程序。本发明还提供了一种.Net程序保护的系统，包括自动分离存储模块和执行模块。本发明由于避免了手工改写程序的过程，大大简化了开发流程，提高了开发效率，降低了开发成本。