本发明公开了一种柴油机余热利用的控制系统，包括柴油机缸套及与柴油机缸套连在循环回路中的冷却水膨胀水箱、换热器和冷却水循环泵，与换热器相连设有串成海水淡化回路的热源膨胀水箱、海水淡化装置和热源循环泵。此控制系统通过冷却水循环泵带动经过柴油机缸套的冷却水在冷却回路中循环，并通过换热器将柴油机余热置换至海水淡化回路，同时通过热源循环泵带动海水淡化回路循环，经过海水淡化装置完成海水淡化流程，此装置能对柴油机余热达到最大限度的利用，利于环保，并保证柴油机经济、可靠和安全运行，此发明用于余热回收利用设备领域。