本发明涉及一种高精度光刻胶分配泵控制器及其控制方法，该装置包括：主控电路，具有执行控制程序的第1处理器，其将输入的选择命令和/或控制信号通过通讯接口与泵驱动电路进行通讯连接；泵驱动电路，由第2处理器接收主控电路的控制信号，实现对光刻胶分配泵的选择控制；所述方法包括以下步骤：在多个光刻胶分配泵中选择参与控制的泵；设置各参与控制的泵参数；将数据传输给泵驱动电路；泵驱动电路对被选泵进行控制。本发明通过硬件及软件的配合控制，能准确的控制光刻胶的吐出量，减少各种光刻胶尤其是昂贵的光刻胶的浪费，减少企业的投入，本发明能够对多台高精度光刻胶分配泵进行控制，又可保存每台泵的多种配方设置。