制造复合半导体结构的方法包括：提供包括多个硅基器件的SOI衬底；提供包括多个光子器件的化合物半导体衬底；以及切割化合物半导体衬底以提供多个光子管芯。每个管芯包括上述多个光子器件中的一个或更多个光子器件。方法还包括：提供具有基层和包括多个CMOS器件的器件层的组装衬底；将多个光子管芯安装在组装衬底的预定部上；以及将SOI衬底与组装衬底对齐。方法还包括将SOI衬底与组装衬底结合以形成复合衬底结构以及将组装衬底的至少基层从复合衬底结构去除。