本发明公开了一种用于阀厅室内轨道机器人的运动控制系统及其方法，其中，该系统包括光栅尺、轨道系统、机器人本体、中央控制器、伺服电机、伺服驱动器、光栅位置读取模块以及通讯模块；中央控制器分别与通讯模块、伺服驱动器和光栅位置读取模块相连；机器人本体固定在轨道系统上；所述轨道系统两端分别与光栅尺两端连接；光栅尺与光栅位置读取模块相连；控制方法包括在伺服电机的转动带动固定在轨道系统上的机器人本体做直线运动，中央控制器读取光栅位置读取模块反馈的位置信息并与目标位置比较，通过PID位置控制算法，将输出量发送给伺服驱动器；当机器人到达目标位置时，伺服驱动器控制伺服电机停止运动即刻完成机器人精确位置控制。