本发明涉及一种初沉段污泥泵自动运行控制系统的控制方法，所述初沉段污泥泵包括若干个子站污泥泵，且每个子站污泥泵包括若干个不同优先级的泵体，所述控制系统包括一上位机和若干个分别与所述子站污泥泵连接的子站PLC，且所述上位机分别与所述若干个子站PLC通讯连接，所述控制系统还包括一与所述上位机通讯连接的主站PLC，且该主站PLC分别与所述若干个子站PLC连接。本发明的控制方法通过采用由与上位机通讯的主站PLC集中控制所有分别控制各个子站污泥泵的子站PLC的方式，即使在上位机与子站PLC出现通讯故障时，子站污泥泵依然能够进行自动运行，从而彻底让操作人员解放双手，实现工业控制自动化。