本发明公开了一种通讯系统设备的代理层中命令应答处理系统，包括：调度处理模块，用于接收管理层下发的命令报文并分发到命令处理模块，接收业务层单板应答回来的报文并分发到应答处理模块；命令处理模块，用于根据管理层下发的命令报文生成包含所述下发的报文的注册节点，并将命令报文转发到指定业务层单板；应答处理模块，用于根据命令处理模块发送来的注册节点维护一个链表，收到业务层单板应答回来的报文时，对该报文在链表中进行匹配和注销，并对全部单板应答信息整合后应答给管理层。本发明系统和方法，不管管理层下发的命令并发与否，代理层都能够正确收齐业务层单板应答信息，并且应答到对应管理层的对应命令。