本发明公开了一种生态沟处理面源污染物氮磷的方法，其步骤：A.建生态沟：在集水区出口构建生态沟渠，沟渠边坡和沟底均为土质，并将生态沟分为多级，挡水坎材料用砖混结构；B.分段种植水生植物和放养泥鳅：在生态沟内种植水生植物，利用水生植物的拦截和吸收作用消纳水体中的面源污染物氮磷；在生态沟中下部位放养泥鳅，增加生态沟的经济效益；C.生态沟的管理：定期收割水生植物，结合收获泥鳅进行生态沟的清淤，重新栽种水生植物和放养鳅苗；D.生态沟的管理与维护：1）沟内植物的刈割与利用；2）清淤；3）生态沟的维护。本发明成本低、操作简单，容易被群众接受，对面源污染物氮、磷具有极好的处理效果，在长江中下游亚热带丘陵区有很好的推广应用前景。