本发明溶藻细菌及其去除铜绿微囊藻的方法，属于环保水处理技术领域。提供了纺锤形赖氨酸芽孢杆菌（Lysinibacillusfusiformis），保藏编号为CGMCCNO.6106。本发明还提供了利用上述纺锤形赖氨酸芽孢杆菌（Lysinibacillusfusiformis）降解铜绿微囊藻的方法。本发明筛选的溶藻细菌对蓝藻水华中的优势藻种铜绿微囊藻具有一定的溶解作用，且对光周期不敏感，溶藻特性几乎不受光周期影响，不随光周期变化而有所波动，这一特点使得该菌能够更好地在天然水体中发挥溶藻特性，在大面积水体蓝藻水华污染治理中的应用前景更为广阔。