本发明涉及一种独立运行微电网主控电源切换方法，属于微电网控制技术领域。本发明能够在微电网独立运行时，微电网系统存在至少两台可作为主控电源的发电设备情况下，根据分布式发电出力情况、负荷情况、主控电源情况和储能情况，合理快速的切换主控电源，并能在微电网供电稳定安全的同时，极大化地利用分布式发电，节约燃料费用，减少环境污染。