本发明提供了一种复合菌剂及其应用。该复合菌剂由芽孢杆菌SSAL-6和不动杆菌SSAL-8复合而成，其中芽孢杆菌SSAL-6和不动杆菌SSAL-8的菌体量之比为1～2∶2～1，最好为1∶1。本发明的复合菌剂能有效地降解水华鱼腥藻。当芽孢杆菌SSAL-6和不动杆菌SSAL-8的菌体量之比为1∶1时，复合菌剂对水华鱼腥藻的降解效果随复合菌剂浓度的增大而增加，当复合菌剂的浓度为15％时，对水华鱼腥藻叶绿素a的抑制率可高达96％。