本发明公开了一株好氧反硝化菌，其分类命名为不动杆菌(Acinetobacter sp.）Strain N2，该菌株保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，保藏日期为2013年3月19日，保藏编号为CCTCC NO:M2013093。本发明还公开了上述好氧反硝化菌的应用。本发明采用自富营养化湖泊水体中筛选所得的高效好氧反硝化菌，该菌株同时具备异养硝化作用，可同时去除水体中硝态氮和氨氮，且反硝化作用过程中极少积累亚硝酸盐，无二次污染。经扩大培养后，直接用于湖泊水体的脱氮，避免了非土著菌种的环境不适应，在实际工程中具有较大的应用潜力。