本发明提供了一种富硒速冻螺旋藻的制备方法，包括下述步骤：①配制螺旋藻藻种液：1.1按下述组份和比例配制培养基；1.2制取螺旋藻藻种液；②养殖螺旋藻：2.1配制营养液；2.2按每700公斤营养液加入25公斤螺旋藻藻种液的比例，将营养液和螺旋藻藻种液置入养殖缸内养殖后开始采收螺旋藻；③制备速冻产品：3.1采收鲜螺旋藻后制成半成品螺旋藻；3.2再将半成品螺旋藻置入零下28℃-30℃的速冻库内冷冻保存，即成为富硒速冻螺旋藻。本发明从制备螺旋藻藻种液到生产出富硒速溶产品的整个方法中，无任何污染，为人们提供一种纯品螺旋藻即食产品，长期服用在起到真正的保健作用同时，对身体不产生不良影响。