本发明属于受污染地下水修复技术领域，特别涉及一种用微纳米气泡对地下水原位修复的方法及系统。在地下水被有机污染物污染区域的上游位置设置注水井，将微纳米曝气装置置于注水井中，通过太阳能供电装置或蓄电池供电，并通过远程无线通讯装置与地面实现远程监测和控制；空气与水通过微纳米曝气装置产生含有微纳米气泡的水，进入地下水系统中，直接分解有机污染物或为微生物持续补充电子受体，促进有机污染物的降解去除；同时设置监测井对去除有机污染物过程中各参数进行实时监测和分析，并根据分析结果，远程调节微纳米气泡的发生时间、进水量和曝气量。微纳米气泡供氧效果好、持续时间长、影响范围大，弥补自然降解和生物通风等常规原位修复技术的不足。