本发明公开了一种深度处理含氨氮废水的方法，包括以下步骤：将沸石与固体滤料按体积比1~2:2~1在过滤池中组成滤料层；导入含氨氮的生化二级出水或含低COD氨氮废水；加入硝化细菌或活性污泥，进行生化反应，后排出水体。本发明具有抗氨氮冲击负荷能力强，连续运行，生物固载量大，沸石滤料高效生物再生，氨氮去除效果稳定等特点，可广泛应用于氨氮废水的深度处理。