本发明属于生物工程、环境工程技术领域，涉及一株具有自养反硝化和亚铁氧化功能的脱氮微杆菌及其应用。本发明所述菌株为脱氮微杆菌（Microbacteriumtestaceum）W3保藏号为：CCTCC NO：M2013108。本发明采用微生物纯培养技术从自然环境中筛选出铁基质自养反硝化微杆菌W3，实现了生物脱氮菌剂的制备，为生物强化体系提供了高效脱氮菌种。在废水处理中，该菌作为生物脱氮强化功能菌，通过铁自养反硝化过程进行废水脱氮，能耗低、投资成本和运行费用少，工艺简单。