本发明公开了一种木薯乙醇废水的深度处理工艺，木薯乙醇经多级厌氧产沼气之后产生的废水，顺序进入缺氧流化床、膜生物反应器、中间池以及纳滤装置处理，纳滤出水达标排放。本发明还公开了一种处理系统，包括依次连接的缺氧流化床、膜生物反应器、中间池以及纳滤装置。