本发明公开了一种人脂肪间充质干细胞制备方法及其在制备疾病药物的应用，人脂肪间充质干细胞的制备方法包括如下步骤：脂肪的采集、脂肪的运输、脂肪的交接、制备脂肪微块、SVF提取、原代培养、传代培养、细胞冻存及建立细胞库、细胞复苏。人脂肪间充质干细胞具有强大的免疫调节作用，能应用在制备治疗自身免疫性疾病药物中，与常规药物相比具有如下有点：1、治疗方便，疗效持久。能帮助患者减少药物治疗的种类和数量以及药物治疗带来的毒副作用，甚至停用免疫抑制剂等药物治疗，降低死亡率和致残率，改善生活质量；2、安全性好，无毒副反应；3、脂肪组织来源广泛，采集方便，且脂肪MSCs的基础研究扎实，制备技术成熟，可推广程度高，技术可控；4、人脂肪MSCs制备成本相对其他生物制剂费用低，多数患者能够接受。