本发明涉及一种微生物菌制剂，尤其涉及一种复合水生态修复制剂及其制备方法。一种复合水生态修复制剂，是由氨氧化细菌、氮氧化细菌和反硝化细菌组成的组合物，其中所述各组分的重量百分比为氨氧化细菌48-55%，氮氧化细菌33-40%，反硝化细菌5-15%。本修复制剂在水环境生态治理技术，城市景观水处理，生态湖泊综合治理，河涌水环境综合整治，农村生活污水处理，水产养殖循环水处理等方面均取得了非常好的效果。