本发明公开了一种适用于高氨氮农业废水的处理装置及其处理方法，属于农业废水处理领域。本发明的厌氧污泥床与塔式生物滤池之间设有圆柱形电解槽，对农业废水的污染负荷缓冲作用明显；同时，回流系统以及两相反硝化池的设置能够保证出水水质以及系统稳定运行；厌氧污泥床产生的沼气回用到两相反硝化池，既可以减少了环境中的碳排放，又能够利用甲烷的厌氧反硝化作用提高两相反硝化池的脱氮率，实现废物资源化利用，体现了绿色环保的理念。本发明操作管理方便，易于维护，建成费用以及维护费用均比较低，具有良好的推广应用价值。