本发明公开了一种发酵工业废水膜法回用处理中膜污染控制的方法，属于水处理领域。其步骤为：（1）发酵工业废水生化处理出水经石英砂过滤、活性炭过滤、保安过滤器预处理；（2）步骤（1）出水后进入纳滤系统，在纳滤系统先进行不加压地冲洗，再进行循环式化学清洗；（3）步骤（2）出水再进入反渗透系统，在反渗透系统中先进行不加压地冲洗，再进行循环式化学清洗，得到最终产水。本发明根据纳滤膜和反渗透膜各自的污染特征采用针对性的膜污染控制方法，减少化学清洗的次数和周期，可延长膜使用寿命30%以上，高效、稳定实现废水回用的同时，极大程度地减轻了膜污染。