本发明涉及一种用于水质净化的微生物纳米球的制备方法，其特征在于步骤如下：将纳米S_iO₂与粘土粉和沸石粉按比例混合，加水造粒，得到球形纳米载体；将球形纳米载体晾干，700-800℃煅烧2-4h，冷却晾干；按每公斤纳米球添加0.8L菌液的比例混合纳米球载体同含螯合态钙的复合活性菌液，搅拌使菌液均匀地在纳米球的多孔表面吸附、固定和着生，制成用于水产养殖水体净化的微生物纳米球。含螯合态钙的复合活性菌液是把从当地养殖水体中筛选、驯化和复壮的光合细菌与EM原液和含钙物质共发酵培养制得。本发明所得微生物纳米球制作工艺简单，能迅速分解水产养殖水体有机污染物、改善水质和提高水产品产量和品质。