本发明公开了一种处理畜禽废水的生物复合填料及其制备方法和应用，属于畜禽养殖废水处理领域。其步骤如下：(1)将小麦秸秆和大豆秸秆洗净风干并切割；(2)将混合秸秆加热热解；(3)配置(NH₄)₂HPO₄溶液；(4)混合秸秆投入到(NH₄)₂HPO₄溶液；(5)取柳木块加热热解；(6)将秸秆、小麦淀粉和小麦麸皮混合搅拌；(7)生物质块浸泡，烘干；(8)生物质块经过压缩机压缩成块状，得到生物复合填料。该生物复合填料投入畜禽废水中后能大量吸附废水中的植酸磷、残留的兽药、尿素、悬浮物等大分子营养元素以及铜、铁、锌等金属元素，有效的解决了畜禽废水处理难的问题。