本发明公开了一种制药、造纸废水深度处理的工艺方法及专用装置，其特点是将经过生化处理后的制药或造纸废水加入聚合硫酸铁（三氯化铁）后进入强化混合反应器处理，然后依次进行混凝反应、气浮（沉淀）、纤维束过滤对生化处理后的废水脱色及COD去除，达到深度处理的要求，无需调整PH值，运行稳定，操作简单，能耗小，污泥产量少，运行成本低，污染物去除率高。