本发明涉及一种含锰废水的升流式微生物反应器处理工艺。含锰废水首先经潜水泵进入初级沉淀池，经初级沉淀处理后接着经由管道泵连续进入两个串联的好氧生物反应池，进水由进水泵控制，从串联的反应池中排出的水接着进入三层过滤池，从三层过滤池中排出的水即为处理之后的清水，进入清水池，由出水阀控制流量。本发明克服了以往传统方法的局限，生物法的材料来源广泛，价格低廉；不使用化学药剂，降低了成本；不产生二次污染，是绿色、环保的技术方法；处理之后的锰可以进行回收资源化。