本发明公开了一种牡丹胚性愈伤组织的培养方法及其培养基。通过采用改良后含有特殊成分(如6-BA、KT细胞分裂素、TDZ植物生长调节剂、PIC除草剂及水解酪蛋白等物质)的MS培养基进行牡丹胚性愈伤组织的诱导，针对牡丹种胚外植体，采用本发明特有的培养方法，可使牡丹愈伤组织的诱导率达100％，其中胚性愈伤组织的诱导率达86％以上。